DnaSP使用说明(翻译)

DnaSP使用说明(翻译)

DnaSP使用说明（翻译）

2008-06-12 16:19

1. 打开DnaSP，出现动态DNA图像，点击画面任何一处即会静止，再点击又呈现动态；点

file 标签，出现空白画面.

--->

2. 点file-open data file, 选择要打开的文件（FASTA, MEGA, NBRF/PIR,NEXUS and PHYLIP等格式）后，出现一个小窗口，描述了所打开序列数据的总的核苷酸数目，序列数目等。点close,如果想在稍后重新打开这个窗口，可以点

Display-Data info.

--->

DnaSP使用说明(翻译)

3. Display-view data,查看对比序列.

DnaSP使用说明(翻译)

Generated by Foxit PDF Creator© Foxit Software For evaluation only.

DnaSP使用说明(翻译)

4. 计算核苷酸多态性：点Analysis-DNA polymorphism, 出现一个选项卡供选择要分析序列的全长或某一区段(Region to Analyze)和运算法则(options)等;如果想知道在整个序列的哪一段多态性较高，可以在sliding window点中compute进行选择。如果只打开了一个序列，则会出现要求选择多个序列进行分析的提示框.

DnaSP使用说明(翻译)

- 5. 中性检验

点击Analysis-Tajima's test

该检验的目的是鉴定目标DNA序列在进化过程中是否遵循中性进化模型。大多数由自发突变造成的分子差异不会影响到个体适宜度，推论指出基因进化根本上是通过遗传漂变来实现的。

DnaSP使用说明(翻译)

Generated by Foxit PDF Creator© Foxit Software For evaluation only.

DnaSP使用说明(翻译)

Generated by Foxit PDF Creator© Foxit Software For evaluation only.

DnaSP使用说明(翻译)

Tajima's D 统计将序列分离位点数和两两序列差异平均数的估计进行对比。在固定规模的试验群体中，如果这两个估计值相等，则只存在遗传漂变；反之，则是存在另一种选择方式影响了群体基因序列。

Tajima's D 统计值为正值时说明序列进化方式为平衡选择，且有一些单倍型分化；负值时为负向选择。

（Tajima Test（Tajima’s D）是由日本学者Fumio Tajima在1989年提出的。该检验的目的是鉴定目标DNA序列在进化过程中是否遵循中性进化模型。进行Tajima检验时，要求提供至少由三条同源序列组成的alignment。Tajima检验将计算并标准化目标序列alignment中每条序列的分离位点数目（number of segregating sites）以及每条序列的核苷酸多样性的值。如果这两个值在统计上被认为差异显著，则拒绝零假设（the null hypothesis），认为目标序列的进化不遵循中性模型，反之，则接受零假设，认为目标序列在进化上遵循中性模型。

实际计算时，Tajima定义了D，作为统计检验量，因此该检验又被称为Tajima’s D。

在实际工作中，可以用软件MEGA 4或DnaSP很方便的进行计算。）