看图学软件之DNAStar-MegAlign入门篇

DNAstar使用说明

MegAlign 提供6 列队(alignment)方法，进行DNA 和蛋白质序列的配对和多序列比较(multiple alignment) 。多序列比较(multiple alignment)可以在MegAlign 的worktable 进行查看和编辑。可以根据队列(alignment)的结果制作进化树（Phylogenetic trees），并且，有关序列距离的数据和残基替代可以容易地作成表格。一般多序列比较(multiple alignment)的结果展示于队列(alignment)窗口，相似性和差异用彩色的直方图展示。

打开方法与editseq一样，只不过点选megalign图标，然后进入其界面

选择

File-Enter Sequences

首先进行2个序列比对，选中所需序列1和2，点击add，使从左侧添加到右边的框中，单击

Done

DNAstar使用说明

出现如图所示界面，选中1与2（可按control点选），之后选择Align-One Pair-By

Wilbur-Lipman method

出现如图所示界面，即为blast结果，但画面不美观，可对其进行调整，点击鼠标所处位置按钮

出现此对话框，里面可进行一系列设置，

可根据自己喜好进行，使界面更美观形象

DNAstar使用说明

设置后可看到错配碱基，如下，还是比较直观吧

比对之后可对其进行结果查看，点选View-Alignment report即可

结果如图

DNAstar使用说明

对于多序列的比对，添加序列与一对序列一样，不过选择的Align-Clustal或者Jotun Hein命令

如点选Jotun Hein后，出现如图界面，图中红线部分代表同源序列（偷懒了，2个序列添加了2次变成4

条

之后点选View-Phylogenetic Tree进行系统树分析

DNAstar使用说明

出现如下结果，因我用序列太少，体现不出很好效果，欢迎大家自己尝试