DNASTAR中文使用说明书(4)

l 选定特定的酶，拖入分析界面，即可以看见该酶的酶切位点在序列上的位置。 l 从SITES & FEATURES MENU菜单选泽Agarose Gel Simulation。 l 新窗口即显示酶切片段在electrophoretic的分离情况（如图）。

保存分析文件

l 从文件菜单，选保存。

l 选定文件的保存位置。给文件命名。 l 单击保存。

l 你所应用和展示的所有信息都会被保存。

从MapDraw开始

根据实验设计，分析和实验结果的展示需要的不同，MapDraw可以制作6种类的酶切图。从简单的线性图到有注释的环形图，在展示限制性酶切位点的同时，还可以同时展示序列的feature，六

个读框及其翻译结果。MapDraw也以自动展示从GenBank输入序列的features。

你可以按照位置、酶切频率等来排列你的酶切位点。另外，你可以用手工选任何酶切位点的结合。酶切位点过泸器（filters）也可以使用Boolean operators联合使用。

MapDraw工具能使你规划酶切位点和克隆实验，产生详细，充分地结果概括。和全部Lasergene应用程序一样，MapDraw也提供整合的BLAST查找功能。

如果在使用这软件中需要帮助，可以和DNASTAR联络。电话：（608）258-7420，传真：（608）258-7439，电子信件：support@dnastar.com，或者经http://www.dnastar.com. 内容

新酶切图制作 46 过泸器类型 47 应用频率过泸器 47 应用手动过泸器 48 使用过泸器一览表 49

使用Must Cut Here/Don’t Cut Here调色板工具 50 酶信息显示 51 环形展示 51

ORF图 52 显示择选 53 保存，退出 53

新酶切图制作

我们以组氨酸DNA序列“TETHIS21MA”（苹果计算机）和“tethis21.seq”（视窗）为例。首先我们寻找能够切割组氨酸DNA序列的酶切位点。

l 从文件菜单选择New打开右边的对话框。 l 打开“Demo Sequences.”文件夹。 l 双击打开TETHIS21（见下）。

过泸器类型

过泸器（filter）是你定义的可以使用的酶切位点的集合。在你自定义过泸器之前，所有酶切位点都会用于序列分析。你可以用和／或来组合过泸器。 MapDraw内置的过泸器如下：

l Overhang过泸器是根据一套你定义的Overhang准则归类的酶切位点。这些准则包括3’和5’端突出，与别的酶切位点互补以及兼并的末端突出。克隆试验中，可以使用这个过滤器寻找互补 末端。

l 频率（Frequency）过泸器是指根据出现于指定的范围序列上的频率归类的酶切位点。我们将在本节的下一部分中使用这个过泸器型。

l 种类和复杂性过泸器（Class & Complexity）是根据酶切位点种类归类的酶切位点。这些种类包括：I型（随机）把II型（明确），或者I型+II型。这过泸器也可以根据位点复杂性、价钱

和来源进行归类。

l 手动选择过泸器（Manual Pick）允许你按需要选定酶切位点。在随后的一部分中，我们学习使用手动选择过泸器的方法。

l Must Cut Here/Don’t Cut Here调色板工具也是一种过滤器，随后进行阐述。

频率过泸器应用

首先让我们用频率过泸器来删除任何可以两次切割我们序列的酶。 l 从ENZYME MENU，选New Filter，然后Frequency打开参数对话框。

l 在Min和Max对应的框中输入数字1和2，其他的参数不变。这个设定将我们序列中切割多于两次的位点自动删除。

l 在过泸器名字框中，输入“Two-cuts-max.”。

l 单击Apply将过泸器用于序列分析——然后OK退出参数对话框。你将注意到在图上酶切位点的数目现在大大地减少了。

应用手动过泸器

虽然减少了大约3分之2的位点，但是还有100以上的酶存在。我们还可以设定一些更严紧的命令进行限制。看一看我们的酶是否能整齐地用来切割TETHIS21序列的编码区。

l 从MAP MENU选Linear Minimapp。打开的窗口显示每个限制酶切割位点的位置。

l 滚动窗口，直到你看到大的向右的箭头，上写“histone”。“Histone”是在最初的Genbank入口被注释的序列特点。当我们打开它的时候，这个特点和序列一起输入。 l 单击选定它。

l 在屏幕的左上单击种类调色板工具（Sort），接着选择Sort by Cuts Close to Selection。酶切位点即刻分类，这样，距特点最近而且超出选定范围的酶切位点将会排在最上面。

l 滚动到窗口的最顶端。你将注意到，在histone基因的左和右有2酶切位点：Acs I和Apo I。两个酶切位点对我们来说都是理想的。

现在我们将制作仅仅包括Apo I酶切位点的Manual Pick filter。

l 从ENZYME MENU，选New Filter——然后Manual Pick。打开酶切位点过泸器编辑器。 l 把Apo I从右边的窗口拖进左边的窗口。给过泸器取名。在这我们把过泸器叫做“Apo I.”。 l 点击Apply——然后OK，就保存并应用“Apo I.”过泸器了。

l 注意到现在线性的minimap仅仅由Apo I酶切位点和histone特点构成。

使用过泸器一览表

现在我们已经应用了2个过泸器：一个叫做“Two-cuts-max”的频率过泸器和叫做“Apo I.”的手动过滤器，MapDraw会自动把两个过泸器的结果用“AND,”联合起来应用，这样，展示的结果