DNASTAR中文使用说明书(2)

内容

打开已有分析文件 33

GeneQuest的DNA分析方法 34 用分析方法操作 35 方法参数改变 36 结果展示优化 37 Feature注释 38 BLAST检索 39

Entrez Database检索 41 GeneQuest的其他特点 42 保存分析文件 43

打开已有分析文件

在这一节中，我们将对已有的GeneQuest文件（也叫做GeneQuest分析）“Nematode R01H10.”进行操作。 l 从文件菜单，选择Open打开一个和右边相似的窗口。

l 在苹果计算机上，从Show菜单中选择GeneQuestDocument文件。在Windows上，从文件类型菜单(Files of Type)的中选择GeneQuest Documents。

l 用文件管理系统打开名为“Demo Sequences.”的文件夹。双击Nematode R01H10，就可以打开下面的窗口。

GeneQuest的DNA分析方法

打开GeneQuest文件后，下一步是选择应用方法。应用方法后，结果的图形显示可以帮助你了解序列上感兴趣的features。打开序列后，你会发现只有几种方法应用后的结果展示在窗口内。在

下一部分中，我们将学习如何把其它方法用于我们序列的分析。 l Title——给文件取名。 l Ruler——在文件中加入标尺。 l Sequence——显示文件中的序列。 l Patterns-Matrix——方法的运算参数。 l Patterns-Signal——转录因子结合位点数据库。

l Patterns-Type-In Patterns——使用键盘输入运算所需的Pattern参数。

l Repeats-Inverted Repeats——寻找反向重复序列。 l Repeats-Dyad Repeats——寻找Dyad重复和palindromes。 l Repeats-Direct Repeats——寻找正向重复序列。

l Gene Finding - DNA Finder————在打开的DNA序列中寻找指定DNA序列。分别显示正义连和反义连的寻找结果。

l Gene Finding - Protein Finder——在打开的蛋白质序列中寻找指定DNA序列的翻译序列。显示结果为全部6个读框。

l Enzymes-Restriction Map——用DNASTAR酶目录中的酶分析打开的序列，并以图形方式展示。

l Coding Prediction - Borodovsky——用Borodovsky’s Markov方法来识别潜在的基因编码区，并以图形方式展示。 l Coding Prediction - Starts Stops ORFs——根据指定的ORFs的最小长度，寻找可能的开放读框，可以选择是否需要起始密码子。读框的启始和中止点分别展示。

l Coding Prediction—Local Compositional Complexity——根据Shannon信息学原理寻找有基因编码提示信息的区域。 l Base Contents-Base Distribution——序列上4种碱基、A+T和G+C的频率、分布，以及AT和gc分布区域。 l Bent DNA - Bending Index——DNA折叠预测。

用分析方法操作

调用新的GeneQuest方法的步骤是：从More Methods中选择方法，加入方法帘（method curtain），待方法运行完毕后，选择性的拖取结果放入分析界面（assay surface）即可（见右图）。

在本节中，我们使用Bent DNA - Bending Index方法进行分析。

l 从ANALYSIS MENU选择Show Available Methods可以打开方法帘，也可以通过拖动分析界面左上角的小环的打开方法帘。方法帘中包括已经用于分析的全部方法。