中国药科大学药物生物信息学课程复习题

生物信息学课程习题

第一章 绪论

一、填空

1、在年，美国国会批准启动人类基因组计划，拟用 条染色体上共 3.2乘以10的9次方 个碱基序列的测定。

2、

3、蛋白质三维结构测定主要方法有和维核磁共振波谱分析 。

4、理想的抗生素靶标应为微生物细胞所必须，在病原体中高度保守且在人体中 不存在 或与人类基因有 根本差异 。

5、下图例举了一个计算机辅助药物设计的实例，从a图中我们得到了配体上R基团附近的受体上有 谷氨酸119 和 谷氨酸227 残基，具有 酸性 性，因此可以将R基团设计为 碱 性基团，如图b中所示的 胍基 基团，使得抑制活性比改造前提高了近5000倍。

二、名词

HGP（human genome project），EST（expressed sequence tag）, SNP（single nucleotide polymorphism）, 生物信息学（Bioinformatics）， 药物基因组学（Pharmacogenomics），intron，“Junk DNA”，

比较基因组学，比较基因组学(Comparative Genomics)是基于基因组图谱和测序基础上，对已知的基因和基因组结构进行比较，来了解基因的功能、表达机理和物种进化的学科。 蛋白质组学，分子进化树（evolutionary tree），基因组，

基因组药物：基因组药物(Genomic drug)是指利用基因序列数据，经生物信息学分析、高通过基因表达、高通量功能筛选和体内外药效研究开发得到的新药候选物．

三、简答

1、简述生物信息学在药物研究开发领域的应用可体现在哪些方面？

一初始阶段信息收集，初步调研（确定合适的药物作用靶）可行性分析（靶点结构、化合物信息）

二药物设计

三开发阶段，减少药物副作用，避免开发风险

2、如何利用基因组信息寻找新的药物作用靶标？

A基因组比较

B同源性搜索

C表达差异分析

3、如何利用人类基因组信息实现个性化治疗，其基于的原理是什么？

4、试叙述基因芯片用于疾病诊断的原理，并说明其优缺点。

优点：速度快信息量大，灵敏度高，微型化，操作方法简单，结果易于判读

缺点：准确度和普及型有待加强

5、最近甲型流感流行，请设计甲型流感的分子诊断方法，说明其原理。

A基因诊断

B利用抗原-抗体反应

第二、三章 数据库

一、单选题

1、以下数据库不能用于检索核酸序列的是（ B ）

A. GenBank B. PDB C. EMBL D.DDBJ

2、蛋白质结构数据常保存为下面哪一种格式为后缀的文件（ A ）

A. PDB B. txt C. Seq D. mdb

3、下列格式属于FASTA格式的是 （ A ）

A. >seq1 B. <seq1 C. ATGCCATA D. > ATGCCATA

ATGCCATA ATGCCATA

二、填空题

1、阅读以下数据格式，写出以下标注的含义：

LOCUS是，DEFINITION是 ，

ACCESSION是 ，VERSION是，SOURCE是 来源

在论文中使用了NCBI数据库中的该序列，应标注该序列的编号，应填

2、阅读以下Prosite中结构基序的示例，说明其中各符号含义：

－ 连字符用来 分离序列基序中的每个位点 。

[ ] 每个方括号中的残基代表序列基序中某一特殊位置基。

{ } 大括号中的符号代表序列基序中特定位置的残基。

X 表示 。

(n) 代表某特定残基的。

3、下面是NCBI中SARS病毒的基因组，请根据以下图说明SARS基因组有个基因，编码 14 个蛋白。

4、检索蛋白质序列可使用哪个数据库，试举两例、

5、检索蛋白质结构常使用数据库。

6、根据以下检索结果说明该蛋白质结构在PDB数据库中的编号为 构测定方法为 NMR 。

三、名词

一级数据库，二级数据库，Genbank，UniGene，PDB，MMDB格式，EMBL，NCBI，结构浏览器，Rasmal，swiss-pdbviewer，Swiss-model，Prints数据库，Prosite数据库，BankIt，Cn3D，PIR数据库，SCOP数据库，CATH数据库

第四章 生物信息检索

一、填空题

1、请例举两个常用的搜索引擎 。

2、如果要搜索一个词组，如把人类基因组作为一个词组，搜索相关信息，应在搜索引擎的

搜索栏中填入 “人类基因组” 。

3、写出以下pubmed检索时常用的限制字段的含义：[ti]、 [dp] 、、*

二、名词

Pubmed，Espacenet，USPTO

第五章 序列比对

一、选择题

1、进行多序列比对常使用哪种软件 ( C )

A. Dock B. Compute pI/MW C. Clustal D. Rasmol

2、对于远源蛋白质序列，在进行多序列比对的时候应选用下面哪一种矩阵（ B ）

A. BLOSUM62 B. BLOSUM30 C.PAM100 D. 结合基序打分矩阵

二、填空题

1. 要搜索一段基因序列的同源基因序列，常使用

2、下图示意的序列比对方法为

3、Needleman和Wunsch在1970年提出一种比对算法，算法实现主要分三步：首先求出一定积分系统下的 原始矩阵 ， 其次求出 转化矩阵 ，最后寻找两个序列的 最佳比对矩阵 ，获得最佳比对形式。

三、名词

序列比对aligment，为确定两个或多个序列之间的相似性以至于同源性，而将它们按照一定的规律排列。

多重序列比对，Clustal，Blast，gap，局部比对，序列比对的E值，

PAM矩阵，取一个蛋白质序列中的氨基酸变异1%作为演化距离的单位，称为1个PAM。 BLOSUM矩阵：同样方式建立了BLOSUM取代矩阵。但在评估代换频率时，应用了不同的策略，基本数据来源于BLOCKS数据库，其中包括了局部多重比对（包含较远的相关序列，同在PAM中使用较近的相关序列相反）。

两条序列的identities，两条序列的相似度百分比

动态规划算法(dynamic programming algorithm)所谓动态规划(dynamic programming algorithm) ，其指导思想就是在多级过程的每一级上列出各种可行的局部解，然后按照某些条件舍弃那些肯定不能得到最优解的局部解。它最大的优点在于能够大大减少计算量。

四、简答

1、简述序列比对的用途。

2、某实验克隆表达了灰葡萄孢霉菌的HMGCoA还原酶，该菌中这一酶此前未被研究过，现在拟通过定点突变实验研究该酶的性质和功能，请问该使用哪些生物信息学手段设计合适的突变位点。

a测出该蛋白质的氨基酸序列

B进行同源性搜索（BLAST）

C找出同源性较高的序列进行比对，确定突变位点

第六章 核酸序列分析

一、填空题

1、对于任一DNA序列（或cDNA序列），可能存在为正向的， 3 个为反向的。

2、原核生物启动子有两段保守序列，即左右的TATAAT，以及右的TTGACA，它们为 RNA聚合酶 结合位点和识别位点。

二、名词

外显子，内含子，启动子，终止子，起始密码，终止密码，ORF，

Kozak序列，该序列是在起始密码子之前与核糖体作用的位点，真核生物mRNA起始密码AUG上游的第三个核苷酸常常是嘌呤，且多为A（-3A）；其次紧跟在AUG后面的核苷酸，常常也是嘌呤，但多数情况下是G（+4G）。

密码子使用频度，不同生物对密码子的使用有不同的偏好，在 …… 此处隐藏：2895字，全部文档内容请下载后查看。喜欢就下载吧 ……