NCBI的数据库资源及其应用(2)

’ 1长的基因 5和 3非翻译区序列

和蛋白特s f q e

可能的蛋白产物核酸数据库比较

一个蛋白序列与翻译成所有读框的。

征相关文章描述基因特征的摘要与 O M IM、 P u e、 b M d e G n B a n、 k。 R e s f q e

。 e R n U

记录e

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都有

一个核酸的六种读框与一个核酸数据库的六种读框比较,

但由于计算。

链接可通过基因或蛋白名称序列号以及序列同源来查询和 L oeu sL in k都支持 es sq用文本来查询 R ef e也可用 R f e的 q, n E t r e z, B L A S T

,

太复杂在网页中不能应用

序号来作同源比较

,

但应在序号前加前缀

“ e r f

”。

第 1期. 3 3

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等

:

N C B工的数据库资源及其应用

3:单核昔酸多态性数据库 (db S N p )[] (h ttp,‘ C, l: 11 b i是最常见的//w w w .: l i i o v S i l g S N p s N P/ )

的一半. 4 4

可以通过遗传标志名称 i n e号和 U n G e号来查询作图。 T h e D v a i s H u m a n

。

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基因名称o o lo g y

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序列a p s

遗传学变化系,

,

可以反映遗传表型与序列变化的关、

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因此

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它有助于大规模的遗传相关研究、、。

功能

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此站,,

和药学基因组

群体遗传学和进化生物学定点克隆和物理作图等研究日前 d b N P记录的变异通 S过 B L A ST和 E一P链接,

C R与 N C B I其他的数据库资源 en B a i k l并可以在 G、 P u b e、 M d L o e u s L i n k。

点列出了人和小鼠同源 D N A片段的遗传位点共入入与 11 J收录了 1 793个位点并与 G en e入Ia p ae k son L ab oratory的 tlie M ou se G e;, o l n e D a t a b a e J s。

‘ 9 9

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有链接. 4 5

。

或基因组序列数据库的相关记录中查询组计划的发展,

随着基因

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最终 db SN P要使 S N P每一记录都 t与基因组的核酸序列记录或物理图重叠群 (o n ig ) en B an k链接使相关的 G, k;i e: i己录 le或 U iG都有 S N P标注我们可以 b通过 (l S N P网页中的 B L A S T查询相关的 S N P记录在 L o eu sL in k位点中查询通过 E;ltrez查询还可以直接在 d bS N P的网页中用 SN P记录号发,、、 d b S T S n e e、 s f q L o e u s L i:。

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它包括了瑞典 L,,: i d大学的 C an eer C h ro m oso m e A b erra tion B an k收集的数 I据也包括了 C C A P利用一些 B A C克隆通过 F S HI n s t it, l t e)

共同发起的

,

,

,

,

。

杂交得出人肿瘤染色体的作图数据

。

肿瘤染色体畸

、

变的资料可以用染色体区带制词查询5。

、

器官及肿瘤类型等限,,‘ e

表的文章题目研究的人群查询. 3 4 O R F F i n d e r ( l i t t p://。

、

,

以及相关的 ST S等来‘

esou rccs f r g e,‘o o基因组规模的分析资源 (Ra: l a ly s i s r; t r o z ) Gr:

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是 N C B I提供的一个开放读框寻。 . . n e b i n l m . n i h .

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找程序. 3 5

它提供六个氨基酸框架的查询e t r o n i e P C R ( h t t p:// w w w

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数据库包括。

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了正在测序或已完成的 6 0列。

多个物种的基因组序

电子 P C R是用两段引物序列与 S T S数据库比较以寻找一段核昔酸序列中有无 ST S序g

。/ST S/)

1其中包括了 2种已完成的微生物基因组每种,,,

,

基因组序列都有图示

列4

,

它可以帮助我们确认基因及基因作图 (501;rees f: (l r o; n::, o染色体序列资源 (R)

。

o s o,;,a l

可以点击观看从每条染色体到重叠群的详细资料列出了 O R F的详细资料并与不同物种的同源蛋白链接对 R N A基因则标。

S e‘ t‘ n e e s一e

4 g o v

1

. ) .、 . tt ):人类基因组资源主页 (11 l/加 w w nel 1:x:, 1 no n m e g u l/ d e/ )

出了:丑 N A或 tR N A的名称及位点il l

。

此数据库还有

另一种功能

,

就是将所有已完成测序的微生物基因、

e/ g

人类基因组资源主页提供了,

组编码的蛋白与原生质

细菌与真核生物中的每一,

此主页下所有内容的链接作图,

包括了/类基因测序,

、

、

种基因组比较

,

从而得到其中同源的蛋白。、

数据库、

遗传变异和基因表达的核心研究资源。

还包

中同源蛋白序列之间都有链接

在这个数据库中还细胞遗传图物理

括了疾病与基因的内容提供了 6多种遗传性疾病 0

可以看到每个染色体的遗传图图和序列图。

的概要

4

2

, t人类基因

组测序 (1。 pe n l o n e e s/ q/ )

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此站点包括了人类基因组测序的,,

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进展

可以查询每个已知重叠群的序列提供基因组范围的 B L A ST比较并且可以下载重叠群或染色体的序列. 4 3 e G n e。

,

1建立在已完成测序的 2物基因组的基础上,

种细菌,

原生质和真核生

6可以见到 200 0年 6月 2。

日完成的人. n l m n i h . g o v

在将每一个蛋白相互之间进行 G a P d B L A S T比较 …… 此处隐藏：3038字，全部文档内容请下载后查看。喜欢就下载吧 ……