NCBI的数据库资源及其应用

第

卷

第月

期

生命科学

从〕

年

文章编号

一

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一

一

的数据库资源及其应用王

哲

,

黄高升,

第四军医大学病理学教研室

西安

摘拥有

要、

是美国的一个大型生物信息学系统、

,

它主要通过

网站为全世界的科学家服务,

,

它

、

一

、

等等多种大型生物学数据库并且提供了多种数据库、

查询工具

,

如

、

、

等等、

,

以及多种数据库分析,

资源

,

对于我们查询文献

、

人类基因组信息,

、

基因表达

蛋白质结构。

、

肿瘤遗传信息

以及不同种属遗

传信息等等有非常大的帮助关键词中图分类号生物信息学一

是一个非常重要的生物医学资源

数据库

文献标识码

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o r d s: N ) o n C B I; 1 i i f o

r xn a t i e s; ( a t a b a s e l

目前,

,

有一些大型生物学数据库包含了众多的,

和蛋白序列数据基因组作图蛋白质结构数据及生

、

、

生物学资源询

我们可以方便地从国际互联网上查,

不仅方便了思想和资料的交流,

减少了许多重

也提供了一种新的工作方式和思维 o方式其中最常用的是美国的 N a tional C en ter f r B io teeh no lo gy In f rm a tion (N C B I) o,。 . N C B I ( h t t p:// w w w n e b i . n l m . n i h . g o v )

复性的工作

物医学文献并且与分类数据库链接可查 G e B a k蛋白数据库要多包括:询的蛋白数据较 n n G en B an k蛋白质翻译信息e z l E r t l

,

。

,

、

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是美国。

M H于 19 8 8年建立的分子生物学信息系统除了维护 G e B a k数据库外它还提供基于 G e n n n‘ B an k和多种生物学数据库的检索和分析服务 l],。

一P R O T中的蛋白质信息蛋白数 . . oe e . . ttp://w w w m ip s b i h m m pg d e )据库 (h二c F un d a tion以及 P ro tein D a ta B an k (P D B; i l o: w w w . b . g p db res or es e h ttp////)和 R f q的信息 e d u/ p ir/

)S W I S S、 P r o t e i n e s e R。

现将该系统的七个部分做个简要介绍 a a s e e r ea 05数据库检索系统 (D t b a R t i v l肠 1 )1

。

可查询上千万篇的文献和文摘以及网上可得到的近 50种期刊全文可通过布P u b M d e。 E z t n e r

,

尔公式的形式查询各种数据库收稿日期作者简介:2: 00 0一 10一0 6;

,

并与相关信息有超: 200 1一 0,

1. 1

ne n m n h gv rez E ntrez(http: w w w . bi. l . i . o/E n t/)//,

修回日期,,

1一3 1。

是一个整合的数据库检索系统

它可以查询 D N A

王

哲 (19 7一 )男 0

博士

讲师

生命科学

第 1卷 4

:级链接如一个序列可以与发表这个序列的文献,

、

编码此序列的蛋白相关的序列等链接. 1 2 T h e

、

相应的 D N A序列

,

以及一些

: p osition S p ecif c Iti还有几种特殊的 B L A ST era te d B L A s T P s l一B L A S T可以增加 ( )氨基酸序列

。

压b X o n ollly B ro w ser (h ttp:/a T/ X o n o m y/ t x a o n o m y h o m

nl ma T x

加. e

n w w . ebi.h t m l/ )

与蛋白质数据库比较的敏感性e t a d B L A S T ( P H L B L A S T )

。 P t a t e r

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t I n i i t

是与 P SI B L A ST紧密,

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是查询种属数据库的工具 ( a txo n o d y m t a b a s a e

o

t b s ) o n m y da a a e,。

结合的比较程序。

,

它可查询某蛋白序列中的一段氨

包含了 5 0 0种生物、

基酸序列与一些同源蛋白序列是否有高度同源就是说可查找潜在的基序。 B L A S T Z e s u q n e e c

也s

每种生它可以

可。

物的数据库至少包含一个核酸或蛋白序列显示每一分支中包含的核酸目. 1 3 L o e u s L i n k ( h t t p:/。

蛋白及蛋白结构的数

加w w,

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它提供一个简单的界面来查询人

类基因或遗传位点的准确信息别名序列号表型n u . i g e n e、、、 E C n u m b

包括基因的术语e r、 M I M n u m b e r

、

标准 B L A S T可以通 ne . n n ov i s过 E一 a l的形式提交 (bla t@ bi lm ih g ): c另外还有两种新的基于 B L A S T的程序 e V Sc e n可查找序列中是否包含有载体序列 r提供与 G e B a k中的免疫球蛋白基因的 n n比较两个序列之间的同源性,, 1 9 B L A s T

、

同源比较列近 9% 0

。 2 0 0 0

年 6月 26日,

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公司公布了

簇e h

、

作图信息等J t E

。

人类基因组全部序列的草稿, N C I B。

覆盖了人类基因组序

n‘ n eb i. lm . ih . ov/B L A S T/)[] n g

它是基于文本形 ai查询服务器 (qu ery@ ne b i.n lm .n ih .go ) E l式的一 v S有多种输出格式如文本和 F T格式等 A A T he B L A S T f l iy of a n l序列相似性比较程序 ( . l y Sequenee一im i arit sea c p ro群 a m s h ttp: w w w r h1 4 T Q

盯 Em,

ai s r r l e ve

马上推出了查询全基因组序列

,

的 B L A S T程序3

。

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