基于分子对接方法的中药抗炎机制研究_张浩(2)

包括加氢、调整键构建的蛋白进行相关准备和优化，

序、能量最小化等；然后运用Sitemap寻找蛋白的活性

size，volume，enclosure，contact位点，并应用sitescore，等综合指标对列出的各个结合位点考察其合理性，并

参考文献报道的有关氨基酸残基结合数据，选定结合然后进行下一步的分子对接工作。位点，

在中药对接完毕后，选取各靶点多种选择性抑制药对相应蛋白进行对接，得到评分结果，取平均值后作为阳性对照组。1．5

分子对接结果评价方法对接得到中药与各靶点的初始对接评分，然后将经过处理得到平均评分。为了将没有对接成功的分子考虑在内，笔者引入校正评分。校正评分的定义是将没有对接成功的分子的GlideScore定义为它所属类别的中药在该靶点评分中的最差得分，然后重新计算得出的平均分，评分越是负值其对接结果越好。根据各中药校正评分的分值，算出每类中药评分

－7．60，－6．65，－7．41，－5．60，－9．63，－7．84，－10．44，

12分。

2．23类中药对各靶点评分情况3类中药对各靶点平均评分见图3，校正评分结果见图4，不同清热类中药的校正评分见图5，根据各中药校正评分，得3类中药评分的标准偏差结果见图6

。

Fig．3of

TCM

Theaveragescorewithtargetsofthethreetypes

图4

Fig．4ofTCM

3类中药对各靶点的校正评分

Thecorrectscorewithtargetsofthethreetypes

3讨论

首先由阳性对照评分与3类中药对各靶点的平均评分对比可以肯定该对接结果的可靠性。由3类中药

医药导报2012年12月第31卷第12期卷终

对不同靶点的评分状况可以看出清热类中药和温里类

尤其是清热药，无论在平均中药的抗炎作用整体较好，

评分还是标准偏差的结果上都反映出具有明显且广泛

的多靶点抗炎作用，这也与中医实践得出的清热中药普遍具有抗炎镇痛功效的结论相吻合；温里类中药对于炎症相关的信号传导网络和代谢网络中代表靶点蛋白都有一定的抑制作用，但由标准偏差的结果可以看不同温里中药对同一靶点的表现起伏较大，说明温出，

里类中药的抗炎内在机制有相对显著的个体差异；补阳类中药用于抗炎相对较少，评分结果显示，补阳类中药与炎症靶点的整体上的能量、空间匹配度要差于清热类和温里类中药，反映出抗炎效果整体较差，而标准偏差较大反映出个体差异明显。3类药的结果对比确下面将从网络药理证了部分中药抗炎功效的可靠性，

学的角度，针对3类中药的区别来做分别的阐释

。

·1545·

对于信号传导网络靶点，评分结果显示3类中药

推测都具有一定的作用，这可能因为炎症相区别不大，

关的信号传导网络与AA网络相比，具有更广泛的调

节作用，不同药理作用的中药可能都对其产生一定影响，但标准偏差的不同显示清热类中药相比其他两类的抗炎作用整体上更为稳定。据此结合中药复杂多样通过影响信号传导网络来的药理作用这一特性得出，

全面治疗病症是中药整体治疗的机制之一。对于AA3类中药表现异同较大，网络，区别明显，清热类中药

2这一关键靶点表现最好，温里类次之，尤其在COX-上，清热类和温里类相对补阳类中药评分明显优秀，补

阳类只在PLA2靶点上评分和标准偏差较好，说明对补阳于该靶点有较为明显的抑制作用。由此可推测，

其中冬虫类中药的抗炎效果主要经AA网络来实现，夏草、巴戟天对于AA网络中多个靶点的评分较好，其

抗炎成分值得进一步研究。

温里类中药，从单独的评分来看，高良姜和肉桂对

花椒对于花生信号传导网络各靶点的评分相对较好，

四烯酸代谢网络各靶点的评分较好，虽然评分显示温

里药对各靶点都有一定的作用，但是从标准偏差的结果来看，不同温里药对靶点的作用起伏较大，这从一方面反映了温里药在抗炎机制方面呈现多位性，在抗炎“殊途同归”效果上有的表现。

图5Fig．5TCM

清热类中药对各靶点的校正评分

清热类中药整体上有较好的抗炎作用。对于信号传导网络靶点而言，清热燥湿药评分较好，如苦参和黄芩，其评分位于前两位，清热燥湿药主治湿热病症；对于代谢网络靶点，清热凉血药和清热泻火药与各靶点的对接情况较好，而清热解毒药在两个网络上的表现

从中药已有的研究结果来看，清热解毒药多用都较差，

其清解热毒或火毒，主要用于痈肿疔毒、丹毒、痄腮、虫

［18］

蛇咬伤、癌肿、水火烫伤，相比其他清热药而言，其化学成分对炭疽杆菌、肺炎球菌、流感病毒等的抑制作用普遍而抗炎效果阐释较少。结合清热燥湿药、清热解毒药功效作用和各靶点评分情况可从一方面证明中药药性-药效联系存在的科学性。中药及其复方中的化学成分往往具有药效弱、多靶向的特点，这种多靶向作用一方面表现在多成分的多靶作用，另一方面也有可能存在单个分子的多靶向作用，而正是由于这种多靶向“霹弹”作用的原理，弥补了中药复方针对单靶药效不强的缺陷，表现出整体治疗、治调并举的特色，体现了中药“物质基础-药性-药效”的关系特点。中药与现在已经进入分子微观阐释阶段的各种生化、药理机制结合已成为中药现代化研究的重要突破口。研究清热、温里和补阳类中药中

Thecorrectscorewithtargetsoftheclearing-heat

图6

Fig．6

3类中药校正评分的标准偏差

Thestandarddeviationofthethreetypesof

TCM＇scorrectscore

·1546·

化学成分与炎症相关靶标的相互作用研究能初步揭示

可以将中药的作用中药分子基础及复杂的作用机制，

机制研究推进到分子水平。从分子对接评分结果来

看，一方面证明了部分中药具有良好的抗炎作用，找到了抗炎作用的主要成分，为下一步针对成分的研究打下基础；另一方面归纳出抗炎中药的功效机制与炎症不同种类相同功效的中药作用网络靶点的密切联系，

同一种类的不同中药药理作用也有明靶点并不相同，

显不同。中药的网络药理学研究立足于中药中已知的

化学成分，充分利用已有的研究成果，用计算机方法研究中药中化学成分的多靶标、多途径协同作用，并用网络的形式直观呈现这种复杂作用。研究基于网络药理通过分子对接方法，结合中药药性-药效学说，学理论，

初步阐释了不同中药抗炎功效的内在机制，虽然还存在不少有待解决的问题，但从新的层面为传统中药赋予了新的科学内涵。

参考文献

［1］KORCSMAROST，SZALAYM，BODEC，etal．Howtode-signmulti-targetdrugs：targetsearchoptionsincellularnetworks［J］．ExpOpinDrugDis，2007，2（6）：799－808．［2］周庆，2抑制药对传统非甾体抗王奕．选择性环氧化酶-．医药导报，2010，29炎药胃肠道不良反应的影响［J］（7）：949－952．

［3］郭达，张斌山，刘金文．骨关节炎的古代方药规律研究

［J］．南方医科大学学报，2010，30（9）：2194－2195．［4］张明发，J］．沈雅琴．温里药温经止痛除痹的药理研究［

2000，7（1）：29－32．中国中医药信息杂志，

［5］CHOIJ，LEEKKT，CHOIMY，etal．Antinociceptiveanti-inflammatoryeffectofmonotropeinisolatedfromtherootof．BiolPharmBull，2005，28（10）：morindaofficinals［J］1915－1918．

［6］刘铁汉，王本祥，王毅，等．淫羊藿苷及其肠菌代谢产物

1细 …… 此处隐藏：3266字，全部文档内容请下载后查看。喜欢就下载吧 ……