DNA star 简介及其主要功能

许 义 2012.5.8

DNA Star 是一款基于Windows和Macintosh平台的序 列分析软件，特点是操作简单，功能强大 实验室必备软件，功能主要有：序列的格式转换，序列 拼接和重叠克隆群的处理；基因寻找；蛋白质结构域的 查找；多重序列的比较和两两序列比较；寡核苷酸设计 (PCR引物，测序引物，探针)。

DNA star是哈佛大学医学院是使用的序列分析软件，可 见其功能强大 。

1.EditSeq2.GeneQuest 3.MapDraw 4.MegAlign 5.PrimerSelect 6.Protean 7.SeqMan II

用来将DNA或蛋白质序列的数据输入计算机的工具， 同时还具有编辑已有序列的功能。 打开已有序列 寻找开放读框 DNA序列翻译 遗传密码选择使用 遗传密码修改 序列的反向互补及反向转换 BLAST检索 序列信息查看 序列校读 序列的保存与输出

帮助查找和注释DNA序列中的基因和其他特征序列，包括ORFs, 剪接位点，转录因子结合位点，重复序列和酶切位点等。 打开已有分析文件 GeneQuest的DNA分析方法 用分析方法操作 方法参数改变 结果展示优化 Feature注释 BLAST检索 Entrez Database检索 GeneQuest的其他特点 保存分析文件

酶切图谱分析，克隆实验设计，分析及处理实验结果等。 同时还具有绘制质粒图谱的功能。 新酶切图制作 过泸器类型 应用频率过泸器 应用手动过泸器 使用过泸器一览表 使用Must Cut Here/Don’t Cut Here调色板工具 酶信息显示 环形展示 ORF图 显示择选 保存，退出

对DNA或蛋白质序列进行同源比较，有六种不同的对准算法 供用户选择。在同源比较的同时，能很快输出进化树和进化 距离等数据。 创建队列文件 序列设置 Pairwise Alignment 使用 Dot Plot Method 多序列比较 Phylogenetic Tree查看 查看队列报告 Decorations/Consensi MegAlign文件保存

设计PCR引物、测序引物和探针。 创建PrimerSelect文件 定义引物特点 查找引物对 浏览其他的引物信息 按特征对引物分类 引物长度改变 在引物中引入突变 设计新引物 使用寡核苷酸订购表格 保存PrimerSelect文件

分析和预测蛋白质结构，提供各种分析方法并以图形的格式输出 结果，显示蛋白质分子的各种理化特性以及例如抗原决定族等功 能区的预测功能。

创建蛋白质分析文件 Protean’s蛋白质分析方法 应用分析方法 方法参数改变 优化结果显示 使用蛋白酶消化与SDS PAGE Feature注释 BLAST检索 二级结构模拟 展示滴定曲线 保存分析文件

多序列拼接。最多支持64000条序列的同时拼接。在拼接前 可以对序列

进行修正，对自动测序的序列结果可除去污染序 列或载体序列。整个拼装过程即时显示，并提示可能的完成 时间。拼装结果采用序列、策略等方式显示。 输入序列片段 Pre-Assembly Options操作 检查修整的数据 序列装配 查看范围和构建结果 去除矛盾碱基和缺口 手动修改序列末端 文件保存与序列输出

从SEARCH MENU找到ORF,点击打开会出现右边的对话框。 单击Find Next寻找第一个ORF的位置。 继续点击Find Next直到你把ORF的位置选定在所需位置。 ORF的坐标会出现在EditSeq窗口的顶端附近。

任何序列中的读框内部分都可以用下面的方法进行翻译。如果你的 选择是在三联码的读框内，三联码指示棒显示为实心黑线(如下图 箭头)。如果你的选择是不在三联码的读框内，左边的箭头和右面 的箭头显示向左或向右移动一个bp,以使所选序列成为三的倍数。 选定ORF,从GOODIES MENU菜单中选择翻译 (Translate)。翻译 的蛋白质序列出现在一 个新的未命名窗口中 (如右图)。它是使用 标准的遗传密码翻译的。

从GOODIES MENU菜单，选反向互补序列(Reverse Complement),或者把序列颠倒过来(Reverse Sequence) 命令，则被选定的序列就被翻转互补或翻转过来了。

我们以寻找能够切割组氨酸DNA序列的酶切位点为例。 从文件菜单选择New打开对话框。 打开“Demo Sequences.”文件夹。 双击打开TETHIS21(见下)。

过滤器类型 过泸器(filter)是你定义的可 以使用的酶切位点的集合。在你 自定义过泸器之前，所有酶切位 点都会用于序列分析。你可以用 和/或来组合过泸器。 MapDraw内置的过泸器如下： Overhang过泸器 频率(Frequency)过泸器 种类和复杂性过泸器(Class & Complexity) 手动选择过泸器 Must Cut Here/Don’t Cut Here调色板工具。

频率过泸器应用 频率过泸器删除任何可以两次切割我们序列的酶。 从ENZYME MENU,选New Filter,然后Frequency打开参 数对话框。 在Min和Max对应的框中输入数字1和2,其他的参数不变。 这个设定将我们序列中切割多于两次的位点自动删除。 在过泸器名字框中，输入“Two-cuts-max.”。 单击Apply将过泸器用于序列分析——然后OK退出参数对话 框。 在图上酶切位点的数目将会大大地减少了。

应用手动过泸器虽然减少了大约3分之2的位点，但是还有100以上的酶存在。我们还可 以设定一些更严紧的命令进行限制。比如是否能整齐地用来切割 TETHIS21序列的编码区。 从MAP MENU选Linear Minimap。打开的窗口显示每个限制酶切割位 点的位置。 滚动窗口，直到你看到大的向右的箭头，上写“h

istone”。“Histone” 是在最初的Genbank入口被注释的序列特点。当我们打开它的时候， 这个特点和序列一起输入。 单击选定它。 在屏幕的左上单击种类调色板工具(Sort),接着选择Sort by Cuts Close to Selection。酶切位点即刻分类，这样，距特点最近而且超出 选定范围的酶切位点将会排在最上面。 滚动到窗口的最顶端。你将注意到，在histone基因的左和右有2酶切 位点：Acs I和Apo I。

从Map Document,单击过泸器调色板工具

PrimerSelect创建PrimerSelect文件我们将以克隆载体pBR322为模板DNA序列。我们选择引物，用来扩增位 于2013-2169位的H-strand Y effector。首先我们从打开模板序列开始。 从文件菜单选择New创建一个PrimerSelect文件。 从文件菜单，选择输入序列 (Enter Sequence)。打 开下面的对话框。从“De mo Sequences”选中pbr322. seq,单击Add添加序列到右 面的窗口。然后点击Done 打开序列。