Icimapping QTL中文操作说明MAPChinese

请注意: 开始之前, 请确认您的计算机已安装了QTL IciMapping集成软件!

双亲群体的QTL作图 (BIP)

1.

打开软件: QTL IciMapping 软件可通过两种方式打开 双击QTL IciMapping

面上的快捷图标 从”所有程序”菜单中选择QTL

IciMapping 软件

软件浏览. 单击StartPage

”

或 ” 2.

1

双亲群体的QTL作图

3.

建立一个”

单击

”File”

选择

输入

”

工程名称”

(例如, 图

示中的工程名称为

和选择路径

(例如

, 的路径为D:\)

单击”OK” 完成”新工程”建

或者

打开已存在的工程 单击“File”

指向“Recent Projects开的工程名称

用过的功能和已开展工作产生的结果

3.

与此工程相关的输入文件、输出文件都自动保存在工程所在的路径

双亲群体的QTL作图

4.

群体

单击““Open File”菜单，然后选择“*.bip”文件类型

然后选择“*.bip”功能 (即双亲群体QTL作图的BIP

选择待打开的群体文件 (例如: C:\CAAS\QTL

IciMapping\Examples\BIP

5.

BIP功能浏览：BIP功能包含三个窗口 工程窗口:

在BIPBarleyDH.BIP作图群体和结果展示窗口: 打开BarleyDH.bip的内容

6.

利用默认方法和默认参数的QTL作图

单击“Start”快捷键，系统则对选定方法和参数进行QTL

也可通过菜单项Task -> Start QTL Mapping进行QTL图

如选择“”缺失表型数据不用于QTL作图 (表型缺失个体的标记型数据仍会使用)

“逐步回归标记进入的概率 (PIN)”是 0.001 (POUT = 2*PIN = 0.002) ；“LOD 临近值”是 2.5； 未使用排列检验

法被选中，即 ICIM-ADD

QTL作图完成后，自动产生“Results

节点

双击文件名称，文件内容就会出现在“结果展示窗口”

双亲群体的QTL作图

7.

查看检测到的QTLs 双击输出文件

检测

QTL的信息显示在“结果展示窗

口”，例如QTL所在的染色体，位置， 8.

去那里看LOD曲线图?

BarleyDH.bip节点，

也可通过单击结果展示窗口中的BarleyDH.bip 文件名，

单击通过QTL

双亲群体的QTL作图9. QTL作图产生的图形 QTL作图产生的图形将显示在一个新的窗口中

双亲群体的QTL作图9. QTL作图产生的图形单击Add按钮将遗传效应曲线和LOD曲线绘制在; Add是一个开关按钮,再次单击将关闭功能.

双亲群体的QTL作图9. QTL作图产生的图形单击C-=按钮绘制所以染色体上的LOD/ADD曲线

LOD曲线

单击按钮将在连锁图QTL

双亲群体的QTL作图

10.QTL作图图形的输出

在图形窗口的任何地

方, 通过鼠标右击弹出快捷键, 从而对图形进行复制, 保存,

当选择Save Image

As…时, 可通过保存类型把图形存为不同的格式. *.emf的分辨率.

从方法列表中选择IM-ADD方法,

QTL作图

如需要, 可修改值

单击 单击Start按钮, 对已选方法框中的所有选定方法 (即图中的ICIM-ADD和IM-ADD) 进行QTL作图

方法ICIM-ADD检测到的QTL保存在

文件 BarleyDH.qic中

方法

IM-ADD

件

BarleyDH.qim

中

在工程列表中, 双击这些文件, 文件

BarleyDH.qim[Result], 在图示的箭头处松开鼠标

在结果展示窗口中比较ICIM和IM检测出的QTL. 例如, 两种方法均检测到

第5和7染色体上的QTL. ICIM比IM检测到更多的QTL, 等等.

将BarleyDH.bip激活为当前作图群体. 可通过两种途径实现, 一是双击工程

窗口中的BarleyDH.bip节点; 二是单击结果显示窗口中的BarleyDH.bip文件.

LOD

菜单选择Mapping绘制IM的LOD曲线图; 单击C-=按钮绘制所有染色体的LOD曲线图

12.比较ICIM和IM的LOD曲线图

改变图形窗口的大小; 变换图形窗口的位置, 在一个屏幕上对比ICIM和IM

的全基因组LOD曲线图

.

很荣幸听到您对此操作手册和 QTL

IciMapping的意见和建议!