2011引物设计作业范例

《基因工程药物与基因工程技术》作业（二）范例：

作业题目：参考作业范例，设计克隆大肠杆菌中某个酶的基因，注明ORF，预测引物的二级结构。

要求检查正反向引物是否配对，如果有配对，需重新设计引物。

范例：设法克隆色氨酸酶（tryptophanase）的基因 1、 序列

在大肠杆菌基因解析文件中搜索找到tryptophanase相关信息，摘录如下： gene 3886753..3888168 /gene=\ /locus_tag=\

/note=\ /db_xref=\ /db_xref=\ /db_xref=\ CDS 3886753..3888168 /gene=\ /locus_tag=\ /EC_number=\

/function=\ acids\

/GO_process=\ /note=\ /codon_start=1 /transl_table=11

/product=\ PLP-dependent\

/protein_id=\ /db_xref=\ /db_xref=\

/db_xref=\ /db_xref=\ /db_xref=\ /db_xref=\

/translation=\ DVFIDLLTDSGTGAVTQSMQAAMMRGDEAYSGSRSYYALAESVKNIFGYQYTIPTHQG RGAEQIYIPVLIKKREQEKGLDRSKMVAFSNYFFDTTQGHSQINGCTVRNVYIKEAFD TGVRYDFKGNFDLEGLERGIEEVGPNNVPYIVATITSNSAGGQPVSLANLKAMYSIAK KYDIPVVMDSARFAENAYFIKQREAEYKDWTIEQITRETYKYADMLAMSAKKDAMVPM GGLLCMKDDSFFDVYTECRTLCVVQEGFPTYGGLEGGAMERLAVGLYDGMNLDWLAYR IAQVQYLVDGLEEIGVVCQQAGGHAAFVDAGKLLPHIPADQFPAQALACELYKVAGIR AVEIGSFLLGRDPKTGKQLPCPAELLRLTIPRATYTQTHMDFIIEAFKHVKENAANIK GLTFTYEPKVLRHFTAKLKEV\

在DNA序列文件中找到相应的序列3886753..3888168

3886741 aaggattatg taatggaaaa ctttaaacat ctccctgaac cgttccgcat tcgtgttatt 3886801 gagccagtaa aacgtaccac tcgcgcttat cgtgaagagg caattattaa atccggtatg 3886861 aacccgttcc tgctggatag cgaagatgtt tttatcgatt tactgaccga cagcggcacc 3886921 ggggcggtga cgcagagcat gcaggctgcg atgatgcgcg gcgacgaagc ctacagcggc 3886981 agtcgtagct actatgcgtt agccgagtca gtgaaaaata tctttggtta tcaatacacc 3887041 attccgactc accagggccg tggcgcagag caaatctata ttccggtact gattaaaaaa 3887101 cgcgagcagg aaaaaggcct ggatcgcagc aaaatggtgg cgttctctaa ctatttcttt 3887161 gataccacgc agggccatag ccagatcaac ggctgtaccg tgcgtaacgt ctatatcaaa 3887221 gaagccttcg atacgggcgt gcgttacgac tttaaaggca actttgacct tgagggatta 3887281 gaacgcggta ttgaagaagt tggtccgaat aacgtgccgt atatcgttgc aaccatcacc 3887341 agtaactctg caggtggtca gccggtttca ctggcaaact taaaagcgat gtacagcatc 3887401 gcgaagaaat acgatattcc ggtggtaatg gactccgcgc gctttgctga aaacgcctat 3887461 ttcatcaagc agcgtgaagc agaatacaaa gactggacca tcgagcagat cacccgcgaa 3887521 acctacaaat atgccgatat gctggcgatg tccgccaaga aagatgcgat ggtgccgatg 3887581 ggcggcctgc tgtgcatgaa agacgacagc ttctttgatg tgtacaccga gtgcagaacc 3887641 ctttgcgtgg tgcaggaagg cttcccgaca tatggcggcc tggaaggcgg cgcgatggag 3887701 cgtctggcgg taggtctgta tgacggcatg aatctcgact ggctggctta tcgtatcgcg 3887761 caggtacagt atctggtcga tggtctggaa gagattggcg ttgtctgcca gcaggcgggc 3887821 ggtcacgcgg cattcgttga tgccggtaaa ctgttgccgc atatcccggc agaccagttc 3887881 ccggcacagg cgctggcctg cgagctgtat aaagtcgccg gtatccgtgc ggtagaaatt 3887941 ggctctttcc tgttaggccg cgatccgaaa accggtaaac aactgccatg cccggctgaa 3888001 ctgctgcgtt taaccattcc gcgcgcaaca tatactcaaa cacatatgga cttcattatt 3888061 gaagccttta aacatgtgaa agagaacgcg gcgaatatta aaggattaac ctttacgtac 3888121 gaaccgaaag tattgcgtca cttcaccgca aaacttaaag aagtttaatt aatactacag

ORF去除空格、回车键和数字后的序列

aaggattatgtaatggaaaactttaaacatctccctgaaccgttccgcattcgtgttattgagccagtaaaacgtaccactcgcgcttatcgtgaagaggcaattattaaatccggtatgaacccgttcctgctggatagcgaagatgtttttatcgatttactgaccgacagcggcaccggggcggtgacgcagagcatgcaggctgcgatgatgcgcggcgacgaagcctacagcggcagtcgtagctactatgcgttagccgagtcagtgaaaaatatctttggttatcaatacaccattccgactcaccagggccgtggcgcagagcaaatctatattccggtactgattaaaaaacgcgagcaggaaaaaggcctggatcgcagcaaaatggtggcgttctctaactatttctttgataccacgcagggccatagccagatcaacggctgtaccgtgcgtaacgtctatatcaaagaagccttcgatacgggcgtgcgttacgactttaaaggcaactttgaccttgagggattagaacgcggtattgaagaagttggtccgaataacgtgccgtatatcgttgcaaccatcaccagtaactctgcaggtggtcagccggtttcactggcaaacttaaaagcgatgtacagcatcgcgaagaaatacgatattccggtggtaatggactccgcgcgctttgctgaaaacgcctatttcatcaagcagcgtgaagcagaatacaaagactggaccatcgagcagatcacccgcgaaacctacaaatatgccgatatgctggcgatgtccgccaagaaagatgcgatggtgccgatgggcggcctgctgtgcatgaaagacgacagcttctttgatgtgtacaccgagtgcagaaccctttgcgtggtgcaggaaggcttcccgacatatggcggcctggaaggcggcgcgatggagcgtctggcggtaggtctgtatgacggcatgaatctcgactggctggcttatcgtatcgcgcaggtacagtatctggtcgatggtctggaagagattggcgttgtctgccagcaggcgggcggtcacgcggcattcgttgatgccggtaaactgttgccgcatatcccggcagaccagttcccggcacaggcgctggcctgcgagctgtataaagtcgccggtatccgtgcggtagaaattggctctttcctgttaggccgcgatccgaaaaccggtaaacaactgccatgcccggctgaactgc

tgcgtttaaccattccgcgcgcaacatatactcaaacacatatggacttcattattgaagcctttaaacatgtgaaagagaacgcggcgaatattaaaggattaacctttacgtacgaaccgaaagtattgcgtcacttcaccgcaaaacttaaagaagtttaattaatactacag （其中的蓝色序列为ORF） 为了方便PCR产物重组至载体中，考虑在PCR产物中引入两个价格便宜的限制性内切酶位点，比如BamHI和HindIII 位点，首先要搜索一下这个目标序列里是否有这两个酶的识别位点。用DNASIS搜索限制性内切酶位点，开启QQ程序，方便截图。

搜索结果

发现基因中不存在BamHI和HindIII 位点，故正反向引物的5’端分别引入BamHI和HindIII序列

ORF的检查：利用DNASIS软件的Translate功能将核苷酸

Internet Explorer.lnk信

息翻译成为氨基酸序列，ATG为起始密码子。氨基酸分别用单字母和三字母表示。（建议使用word格式呈现氨基酸序列）

三字母表示氨基酸（部分）

单字母表示氨基酸：

2、 引物设计：

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