Lammps_安装步骤详解-for Dai

在linux下安装LAMMPS的方法详解,成功试验过的哦,希望大家多多交流关于LAMMPS的安装和应用方面的知识

一 lamps非并行安装

1 在终端输入：

cd /mnt （不一定要mnt啦）

（源码包lammps.tar.gz放在/mnt下 (cp /home/lab/Desktop/lammps.tar.gz /mnt)）

gunzip lamps.tar.gz

tar -xvf lamps.tar

mv lammps-5Dec10 lmp (重命名为lmp，重命名也不一定要是lmp啦) cd lmp/src/STUBS

make clean

make

cd /mnt/lmp/src/MAKE

vi Makefile.serial 后出现

# g++ = RedHat Linux box, g++4, gfortran, no MPI,no FFT

SHELL = /bin/sh

# ---------------------------------------------------------------------

# compiler/linker settings

# specify flags and libraries needed for your compiler

CC = g++4 g++4

CCFLAGS = -g -O

DEPFLAGS = -M

LINK = g++4 g++4

LINKFLAGS = -g -O

LIB =

ARCHIVE = ar

ARFLAGS = -rc

SIZE = size

该为g++ 改为g++

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# ---------------------------------------------------------------------

然后存档，退出，终端输入

cd /mnt/lmp/src

make clean-all

make serial

之后linux开始编译，最后会在/mnt/lmp/src下生成lmp_serial的可执行文件。

mv lmp_serial lmp

2 计算一example

终端输入：

cd /mnt/lmp/e*/shear

cp /mnt/lmp/src/lmp /mnt/lmp/e*/shear

./lmp<in.shear 即开始计算

二lammps的并行安装（自己用户名下zhangchao建立文件夹mnt 和opt, 将下载的三个压缩包文件fftw-2.1.5.tar.gz、lamps.tar.gz、mpich2-1.3.1.tar.gz放在mnt文件夹中；在opt中建立文件夹fftw和mpich）

1 安装fftw

终端输入:

cd /mnt

gunzip fftw-2.1.5.tar.gz (源码包fftw-2.1.5.tar.gz在 /mnt下) tar xvf fftw-2.1.5.tar

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cd fftw-2.1.5

（find . -type f | xargs -n 5 touch）此步表示系统时间不对时采取的，一般不要。）

./configure --prefix=/public/home/zhangchao/opt/fftw

--enable –float红字不要,prefix=指定安装在fftw中，要写出绝对路径，绝对路径获得方法：先cd opt/fftw,然后pwd,就获得绝对路径，经过鼠标copy(不能Ctrl C)就可获得，最后进入cd/mnt/fftw-2.1.5, 输入./configure --prefix=再右击鼠标paste即可

make

make install (fftw-2.1.5即安装在/opt/fftw下)

2 安装mpich

终端输入:

cd /mnt

gunzip mpich2-1.3.1.tar.gz

tar xvf mpich2-1.3.1.tar

cd /mpich2-1.3.1

./configure --prefix=/… …opt/mpich 方法同fftw

make

make install (mpich即安装在/opt/mpich下)

然后配置环境变量

终端输入:

cd

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vi .bashrc 本人没有.bashrc利用了.bash_profile,因此编辑 vi .bash_profile, .bashrc和.bash_profile都是隐藏文件在自己的用户名zhangchao下,需要ls –al，才可以看到。

开始编译为

If [ -f /etc/bashrc ]; then

. /etc/bashrc

fi

export PATH=/public/home/zhangchao/opt/mpich/bin:$PATH

export LD_LIBRARY_PATH=/public/home/zhangchao /opt/mpich/lib: /public/home/zhangchao /opt/fftw/lib:$LD_LIBRARY_PATH （注意export后仅仅一个空格，其余地方都无空格）

3 安装lammps

cd /mnt

gunzip lammps.tar.gz

tar xvf lammps.tar

mv lammps-5Dec10 lmp 改名(也可以 lmp在自己的用户名下，

与mnt同级)

cd /lmp/src

make package-status

make yes-all （第一次安装直接make yes-all，否则要先make

clean-all）

make no-gpu

Make no-kim

make no-user-atc （尽量加上）

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(几个特殊的package:meam,poems,reax,gpu,user-atc需要特别安装(如果不需要安装就直接make no-MEAM; make no-POEMS; make no-REAX)，如下)

cd /mnt/lmp/lib/meam

ls

make –f Makefile.gfortran (安装meam,必须有gfortran编译器)

cd /mnt/lmp/lib/poems

ls

make –f Makefile.g++

cd /mnt/lmp/lib/reax

ls

make –f Makefile.gfortran

(然后对Makefile.serial文件进行编译)

cd /mnt/lmp/src/MAKE

vi Makefile.serial (按下i可修改) （下面例子是g++的，都一样最好改serial,改法一样，蓝字是对serial的修改）

# g++ = RedHat Linux box, g++4, gfortran, MPICH2, FFTW

SHELL = /bin/sh

# ---------------------------------------------------------------------

# compiler/linker settings

# specify flags and libraries needed for your compiler

在linux下安装LAMMPS的方法详解,成功试验过的哦,希望大家多多交流关于LAMMPS的安装和应用方面的知识

CC = g++4

DEPFLAGS = -M g++4改为mpic++ CCFLAGS = -g –O （ 或者是 CCFLAGS = –O）

LINK = g++4 g++4

LIB =

ARCHIVE = ar

ARFLAGS = -rc

SIZE = size

# ---------------------------------------------------------------------

# LAMMPS-specific settings

# specify settings for LAMMPS features you will use

# LAMMPS ifdef options, see doc/Section_start.html

LMP_INC = -DLAMMPS_GZIP

# MPI library, can be src/STUBS dummy lib

# INC = path for mpi.h, MPI compiler settings

# PATH = path for MPI library

# LIB = name of MPI library

MPI_INC = -I/public/home/zhangchao/opt/mpich/include -DMPICH_SKIP_MPICXX

MPI_PATH = -L/public/home/zhangchao/opt/mpich/lib

MPI_LIB = -L/public/home/zhangchao/opt/mpich/lib/libmpich.a

（或者是MPI_LIB = -L/public/home/zhangchao/opt/mpich/lib -lmpich –lpthread） （或者是MPI_LIB = -L/public/home/zhangchao/opt/mpich/lib）

# FFT library, can be -DFFT_NONE if not using PPPM from KSPACE package

# INC = -DFFT_FFTW, -DFFT_INTEL, -DFFT_NONE, etc, FFT compiler settings

# PATH = path for FFT libr …… 此处隐藏：9102字，全部文档内容请下载后查看。喜欢就下载吧 ……