实习5-蛋白质组学数据分析

实习5:蛋白质组学数据分析张维一 毛瑞芳 华大颂 莫 凡

系统生物学平台 浙江加州国际纳米技术研究院(ZCNI)

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课程内容:1.蛋白质组学质谱分析背景介绍

2.蛋白质组学数据库检索软件 GPM(X!tandom)3.蛋白质组学数据统计分析软件TPP

蛋白质组学质谱分析背景介绍

蛋白质组学质谱分析背景介绍Tandem MS

m/z:质量电荷比

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粘贴蛋白序列：PGYRNNVVN TMRLWSAKAPNDFNLKDFNVG 点击Perform 选择“Only the following selection of enzymes and chemicals”,并选择胰酶Trypsin酶切

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APNDFNLK

蛋白质组学质谱分析背景介绍v

1letter code AR N D B C E Q Z G H

Isoleucine Average mass Leucine Lysine Methionine Phenylalanine Proline Serine Threonine Selenocysteine Tryptophan 57.05 137.14 Tyrosine Valine

I L K M F P S T U W Y V

113.16 113.16 128.17 131.19 147.18 97.12 87.08 101.10 150.03 186.21 163.18 99.13

AlanineArginine Asparagine Aspartic acid Asn or Asp Cysteine Glutamic acid Glutamine Glu or Gln Glycine Histidine

71.08156.19 114.10 115.09

103.14 129.12 128.13

具体数值，对应后页中离子质量

蛋白质组学质谱分析背景介绍

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蛋白质组学质谱分析背景介绍 目前人类已知蛋白大约有6万8千种 平均每种蛋白长度为500个氨基酸 平均每种蛋白可以胰切成50个肽段 平均每个肽段有10种可能打碎情况 每一种可能情况产生一张理论图谱 平均一次质谱实验有3000次扫描 每一次扫描产生一张质谱谱图 ???面对如此多的质谱谱图和理论图 谱我们将如何进行比对

蛋白质组学数据库检索软件 GPM(X!tandem)

蛋白质组学数据库检索软件GPM(X!tandem) SEQUEST类型 免费开源软件DTA,PKL,MGF mzXML,mzDATA

Mascot商业软件MGF,DTA

商业软件RAW,DTA

数据输入

速度 并行运算

快 支持(PVM,MPI)

较慢 支持(PVM)

较慢 支持(MPI)

蛋白质组学数据库检索软件

X!Tandem优点： 运算速度快

Master node

免费，并行集群计算成本低 开源可自行修改代码

Network switching

缺点： 应用范围尚不广泛 后期统计软件接口尚未成熟

硬件要求：当前主流电脑配置即可胜任小规模数据检索

Slave nodes

蛋白质组学数据库检索软件Download GPM:ftp:///projects/gpm/gpm-xe-installer/

蛋白质组学数据库检索软件解压缩：

质谱原始数据

运行程序

数据库、结果 程序等核心内容

蛋白质组学数据库检索软件C:/ZCNI_tranning/X!tandem/

参数

数据库目录

数据库

输出结果目录

蛋白质组学数据库检索软件

工作流程:1. 将 *.raw 文件转变为 *.mzXML 文件(练习文件为肝癌蛋白质组学数据)

2. 编辑参数3.

运行 GPM中的X!Tandom 4. 查看结果 5. 使用自己的数据库

1. 将 *.raw 文件转变为 *.mzXML 文件开始>运行>输入“cmd” 开启命令行窗口

Download:/project/downloading.php?group_id=69281&use_mirror=jai st&filename=ReAdW_2006Nov01.exe&40300388