PBS管理系统--torque(4)

[注]：脚本文件中的 mpirun_rsh 命令行中的节点列表文件要用环境变量表 示

$PBS_NODEFILE，这个环境变量表示由 pbs 自动分配给作业的节点列表； 节点数为命令行中指定的进程数。 格式如下：

mpirun_rsh –np 进程数 –hostfile $PBS_NODEFILE 可执行程序名 命令详解如下：

Getting Status on the System, Queues, and Jobs Command Short Description list information about queues and jobs Tutorial Using qstat HTML and PS HTML and PS Using qstat Using qstat HTML and PS HTML and PS Using qstat Using qstat Manual Page qstat man page qstat qstat -q list all queues on system qstat man page qstat -Q list queue limits for all queues qstat man page qstat -a list all jobs on system qstat man page qstat -au list all jobs owned by user userid userid qstat man page qstat -s list all jobs with status comments list all running jobs qstat man page qstat -r qstat man page qstat -f list all information known about jobid specified job qstat -Qf list all information known about queue specified queue qstat man page qstat man page

qstat -B List summary information about the PBS server Submitting a Job HTML and PS qstat man page qsub jobscript submit jobscript to PBS Using qsub Using qsub Using qsub qsub man page qsub -I submit an interactive-batch job qsub man page qsub -q queue submit job directly to a specified queue qsub man page Using the Graphical User Interface (GUI) xpbs

Graphical User Interface to PBS commands Using xpbs xpbs man page 链接 http://blog.chinaunix.net/u1/34200/showart_1880946.html

（五）GM 并行作业提交 PBS 脚本

PBS 模板脚本文件路径为：/export/home/pbs/mpich-gm.pbs.pbs

按照如下示例文件，建立 pbs 作业提交脚本，修改红色的部分即可。

#LJRS -S /bin/bash

#LJRS -o script.out

#LJRS -j oe

#LJRS -q dpool

#LJRS -l nodes=8:ppn=1 （nodes：计算节点数，ppn：计算节点 CPU 数）

#LJRS -l walltime=48:00:00 （用户估计的最大计算时间，超时系统会自 动中断作业）

limit -s unlimited

TMPFILE=`whoami`_mpich_gm.tmp

sed 's/c/g/g' $LJRS_NODEFILE > /tmp/$TMPFILE GM_NODEFILE=/tmp/$TMPFILE

echo Working directory is $LJRS_O_WORKDIR

cd $LJRS_O_WORKDIR

echo Runing on host `hostname` echo Starting Time is `date` echo Directory is `pwd`

echo This jobs runs on the following processors:

echo `cat $GM_NODEFILE` NPROCS=`wc -l < $GM_NODEFILE`

echo This job has allocated $NPROCS nodes

## User Parallel Program ###########

mpirun -v -machinefile $GM_NODEFILE -np $NPROCS ~/my_parallel.exe > out （修改为用户的并行作业执行命令）

####################################

rm -f /tmp/$TMPFILE

链接 http://cftcc.iccas.ac.cn/show.aspx?id=25&cid=12

echo Ending Time is `date`