PBS管理系统--torque

PBS 管理系统

（一）作业提交系统 Torque 个人安装总结(PBS)

PBS 是功能最为齐全，历史最悠久，支持最广泛的本地集群调度器之一。 PBS 的目前包括 openPBS，PBS Pro 和 Torque 三个主要分支。其中 OpenPBS 是最早的 PBS 系统，目前已经没有太多后续开发，PBS pro 是 PBS 的商业版本，功能最为 丰富。Torque 是 Clustering 公司接过了 OpenPBS，并给与后续支持的一个开源 版本。

下面是本人安装 torque 的过程。 一、Torque 安装

在 master（管理结点上）

1、解压安装包

[root@master tmp]# tar zxvf torque-2.3.0.tar.gz

2、进入到解压后的文件夹

./configure --with-default-server=master make

make install

3、

（1）[root@master torque-2.3.0]#./torque.setup

必须是个普通用户

（2）[root@master torque-2.3.0]#make packages

把产生的 tpackages , torque-package-clients-linux-x86-64.sh, torque-package-mom-linux-x86-64.sh 拷贝到所有节点。

（3）[root@master

torque-2.3.0]# ./torque-package-clients-linux-x86_64.sh --install [root@master torque-2.3.0]# ./torque-package-mom-linux-x86_64.sh --install

（4）编辑/var/spool/torque/server_priv/nodes （需要自己建立） 加入如下内容 master np=4 node01 np=4 ........ node09 np=4

（5）启动 pbs_server,pbs_sched,pbs_mom,并把其写到/etc/rc.local 里使 其能开机自启动。

（6）创建队列 [root@master ~]# qmgr create queue students

set queue students queue_type = Execution set queue students Priority = 40

set queue students resources_max.cput = 96:00:00 set queue students resources_min.cput = 00:00:01 set queue students resources_default.cput = 96:00:00 set queue students enabled = True set queue students started = True

4、在 node0x （x=1-9,计算结点上）

[root@node0x

torque-2.3.0]# ./torque-package-clients-linux-x86_64.sh --install [root@node0x torque-2.3.0]# ./torque-package-mom-linux-x86_64.sh --install

然后启动 pbs_mom ,把 pbs_mom 写入/etc/rc.local

二、Torque PBS 使用

1、创建用户 在 master 的 root 下

useradd test passwd test 输入 test 密码 到/var/yp 下 make 一下

2、配置普通用户的 ssh su test cd

ssh-keygen -t dsa cd .ssh

cat id_pub.dsa >>authorized_keys chmod 600 authorized_keys 3、编写作业脚本

[test1@master t]vi pbsjob

#!/bin/tcsh

#PBS -o /home/test1/pbstest/t/output 标准输出文件

#PBS -e /home/test1/pbstest/t/error 错误输出文件

#PBS -l nodes=5:ppn=4 规定使用的节点数以及每个节点能跑多少核

#PBS –q students 把任务提交到 students 队列中

cd $PBS_O_WORKDIR 到工作目录下（此为 PBS 提供的环境变量）

mpirun –machine $PBS_NODEFILE -np 20 ./vasp

4、启动 mpd

mpdboot -n 10 -f mfa

mfa 内容： master:4 node01:4 ….

node09:4

5、提交，查询，删除作业 提交作业：qsub pbsjob 作业提交后会有一个作业号 [test1@master pbstest]$ qsub pbsjob 48.master

查询作业：qstat

[test1@master pbstest]$ qstat

Job id Name User Time Use S Queue

------------------------- ---------------- --------------- -------- - -------------------------------

48.master pbstest test1 00:00:00 R students 删除作业：qdel 作业号

[test1@master pbstest]$ qdel 48

链接

http://hi.http://www.wodefanwen.com//danganxi521/blog/item/2b23c03db6cea1e93c6d975f.ht ml/cmtid/b4f2450700f2e5c77b89478f

（二）PBS 脚本使用 qsub -N Relax -l nodes=1:ppn=8 pbs

#!/bin/sh

VASP=\ -np 8 avasp < /dev/null \

i=36 times=1000 while((i<=times)) do

cp RStru_$i POSCAR

rm WAVECAR CHG*

./produKPTS.x

$VASP

cp CONTCAR POSCAR

rm WAVECAR CHG*

./produKPTS.x

$VASP

cp CONTCAR POSCAR

rm WAVECAR CHG*

./produKPTS.x

$VASP

cp CONTCAR pos.$i cp OUTCAR out.$i let i=i+1 done

cd /temp/user15/RST1000

./relax.sh >& log