Mesquite操作步骤 - 图文

系统发育分析软件Mesquite对铁线蕨属鞭叶系植物毛被形态性状在分子系统树上进行了重建,揭示铁线蕨属鞭叶系植物毛被主要特征的系统演化规律。

背景：用MrBayes v.3.1.2软件构建贝叶斯树, 依据Modeltest3.7中最小AIC值产生的最佳核

苷酸替换模型为TIM+I+G, 设置核苷酸替代类型数nst＝6, 位点间速率分布设置为rates＝gamma, 以随机树为起始树, 4条马尔可夫链运行100万代, 每100代抽样并保存数据一次, 舍弃老化样本（2500抽样代）后, 根据剩余样本构建合意树. （共得到100万除以100，再加1，共计10001棵树。由于对Mesquite来说，需要舍弃前面贝叶斯计算不稳定的9001棵树，只保留最后计算稳定的1000

棵树。这时会用到Ultraedit软件（见群共享），对文件g.nex.run1.t进行编辑只保留最后1000棵树）

操作步骤如下： 1. 主菜单File

—open file（文件类型举例g.nex.run1.t）点ok后出现界面

鼠标点上图Trees from“”，后点view trees

2. 主菜单Characters

—New Empty Matix，根据需要填写Number of characters，后点ok

而后编辑性状名称，以及更改问号（如铁线蕨毛被：叶轴近轴面用RB表示，叶轴远轴面用RA表示，无毛：0；毛少：1；多毛：2，未知的用？）

之后鼠标点击靠左边打开的Tree from“g.nex.run1.t”，出现如下界面

3. 主菜单Analysis：Tree

—Trace characters over trees

点ok后，再点ok，，出现如下界面，选择第二个最大释然法Likelihood Ancestral States（相对更可靠），也可以用第一个最大简约法

在点击第二个stored probability Model

点击Shade states，再点击Stored trees，在如下图中选择Mk1(est.)

出现如下界面

4. 主菜单Display

—Tree Form

—Balls&Sticks(卫然老师推荐这种树的形状，也可以选择其他的)

5. 主菜单Trace Over Trees

—Show Fraction Of Trees with Equivocal将其勾掉，即不要√

6. 主菜单Trace Over Trees

—Calculate

—Average Frequencies Across Trees

注意：选择第3步中的最大释然法Likelihood Ancestral States不能识别树的拓扑结构，所以需要手动筛选下图中的Tree #，填写数字范围是1—1000（对应背景），以此来筛选最接近你真实的拓扑结构。（若用第3步中的最大简约法则不用考虑拓扑结构问题，但没有最大释然法可靠）

补充：在对铁线蕨属鞭叶系植物研究中(黑色箭头所指的红框是外类群)，那么祖先应该是黄色圆圈，即鼠标指向位置，详细信息见绿色框所指内容。