用Polyphen2和SIFT进行突变预测

用Polyphen2和SIFT进行突变 /SNP功能预测

三个网址 Polyphen2:– http://genetics.bwh.harvard.edu/pph2/

SIFT:– http://www.77cn.com.cn/

以上两个在线应用的软件，主要对SNP以及点突 变进行功能预测，但预测限于错义突变，其他无 义突变(突变为终止密码)、碱基缺失、插入所 造成的框移突变，以及起始密码子的突变均不可 以预测！ Uniport database:– http://www.77cn.com.cn/ – 这个网址用于查找蛋白质序列和获取FASTA格式

数据准备 两个网站均为在线提交数据，提交的数据 文件格式可有以下两种：– 第一种为蛋白质的氨基酸序列，按照FASTA格 式编写 – 第二种为蛋白质在Uniport database中的ID

获取蛋白质序列或ID 可以在NCBI中查找，也可以直接在Uniport database中查找

此处填写蛋白质名称

查询结果ID

蛋白质名称

种属

仔细核对以上数据，ID就是所在polyphen2中需 要号码，以human DAX-1为例，ID为P51843

点击所需要的蛋白质ID链接，在出现的页 面中可以详细查看DAX-1的信息，再次核 对是否正确，注意右上角的几列标签，如 图点击，获取FASTA格式数据，此数据可能会被下载， 下载后可以用记事本程序打开，或者有时会在浏览器 中直接打开，可以将其中数据全部复制备用，下方即 是打开的FASTA数据，最上面是蛋白质的信息(含ID、 名称、种属),下方是氨基酸序列>sp|P51843|NR0B1_HUMAN Nuclear receptor subfamily 0 group B member 1 OS=Homo sapiens GN=NR0B1 PE=1 SV=2 MAGENHQWQGSILYNMLMSAKQTRAAPEAPETRLVDQCWGCSCGDEPGVGREGLLGGRNV ALLYRCCFCGKDHPRQGSILYSMLTSAKQTYAAPKAPEATLGPCWGCSCGSDPGVGRAGL PGGRPVALLYRCCFCGEDHPRQGSILYSLLTSSKQTHVAPAAPEARPGGAWWDRSYFAQR PGGKEALPGGRATALLYRCCFCGEDHPQQGSTLYCVPTSTNQAQAAPEERPRAPWWDTSS GALRPVALKSPQVVCEAASAGLLKTLRFVKYLPCFQVLPLDQQLVLVRNCWASLLMLELA http://www.77cn.com.cn成都家教，成都家教网 QDRLQFETVEVSEPSMLQKILTTRRRETGGNEPLPVPTLQHHLAPPAEARKVPSASQVQA IKCFLSKCWSLNISTKEYAYLKGTVLFNPDVPGLQCVKYIQGLQWGTQQILSEHTRMTHQ GPHDRFIELNSTLFLLRFINANVIAELFFRPIIGTVSMDDMMLEMLCTKI

Polyphen2应用 进入网站： http://genetics.bwh.harvard.edu/pph2/在这里以我们以前 发现的DAX-1 L262P这个突变举 例，在红框出填入 已经查到的ID,下 方FASTA数据可以 不用输；绿框中输 入突变氨基酸位置； 在AA1中选择L, AA2中选择突变后 的P,最后点 Submit

运行画面

每隔5-10秒点refresh刷新页 面，直至Results中出现View, 然后点击View

结果

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一般突变预测 看第二条图 HumVar的结果， 分数越接近1.0, 损害可能越大， 越接近0,损害 可能性越小： 结果分为 benign, possibly damaging以及 probably damaging 注：possibly为 有可能， probably为很可 能

练习 小常所发现的SF-1基因一处SNP:G146A, 请用Polyphe

n2 进行预测，蛋白质功能是 否受到影响？ 最后结果

SIFT 进入网站：http://www.77cn.com.cn/ 在single protein tools中找到SIFT sequence,点击打开 进入数据提交新页面填入自己email,SIFT运算时间在20min左右，你 可以等，也可以让他把邮件发送过来

蛋白质FASTA数据，将下载好的蛋白质 Fasta数据上传即可

或者将用记事本或浏览器打开的 Fasta数 http://www.77cn.com.cn成都家教，成都家教网 据copy至此数据框中，蛋白质序列可以 截选，但必须有第一行的蛋白质信息数 据

此处填蛋白质突变或SNP位点信息， 如S578N,L262P,G146A等

SIFT预测AR S578N功能变化 在Uniport中搜索Androgen Receptor, 下载FASTA数据，如下图为浏览器打开后 的结果注意：一般来说用文件上传方 法比较简单，但SIFT对氨基酸序 列有要求，大于500的氨基酸序 列不能分析，故像AR这种有919 个AA的就不能采用直接上传模 式，而要将氨基酸序列裁剪过 后按Fasta格式黏贴至数据框中

此为第一行蛋白质信息，如果采用copy至数据输入框，而不是采用文件上传方法， 红框中数据必须黏贴进输入框，而后面的蛋白质序列只需黏贴需要部分>sp|P10275|ANDR_HUMAN Androgen receptor OS=Homo sapiens GN=AR PE=1 SV=2 MEVQLGLGRVYPRPPSKTYRGAFQNLFQSVREVIQNPGPRHPEAASAAPPGASLLLLQQQ QQQQQQQQQQQQQQQQQQETSPRQQQQQQGEDGSPQAHRRGPTGYLVLDEEQQPSQPQSA LECHPERGCVPEPGAAVAASKGLPQQLPAPPDEDDSAAPSTLSLLGPTFPGLSSCSADLK DILSEASTMQLLQQQQQEAVSEGSSSGRAREASGAPTSSKDNYLGGTSTISDNAKELCKA VSVSMGLGVEALEHLSPGEQLRGDCMYAPLLGVPPAVRPTPCAPLAECKGSLLDDSAGKS TEDTAEYSPFKGGYTKGLEGESLGCSGSAAAGSSGTLELPSTLSLYKSGALDEAAAYQSR DYYNFPLALAGPPPPPPPPHPHARIKLENPLDYGSAWAAAAAQCRYGDLASLHGAGAAGP GSGSPSAAASSSWHTLFTAEEGQLYGPCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGEAGAVAPY GYTRPPQGLAGQESDFTAPDVWYPGGMVSRVPYPSPTCVKSEMGPWMDSYSGPYGDMRLE TARDHVLPIDYYFPPQKTCLICGDEASGCHYGALTCGSCKVFFKRAAEGKQKYLCASRND http://www.77cn.com.cn成都家教，成都家教网 CTIDKFRRKNCPSCRLRKCYEAGMTLGARKLKKLGNLKLQEEGEASSTTSPTEETTQKLT VSHIEGYECQPIFLNVLEAIEPGVVCAGHDNNQPDSFAALLSSLNELGERQLVHVVKWAK ALPGFRNLHVDDQMAVIQYSWMGLMVFAMGWRSFTNVNSRMLYFAPDLVFNEYRMHKSRM YSQCVRMRHLSQEFGWLQITPQEFLCMKALLLFSIIPVDGLKNQKFFDELRMNYIKELDR IIACKRKNPTSCSRRFYQLTKLLDSVQPIARELHQFTFDLLIKSHMVSVDFPEMMAEIIS VQVPKILSGKVKPIYFHTQ

>sp|P10275|ANDR_HUMAN Androgen receptor OS=Homo sapiens GN=AR PE=1 SV=2 MEVQLGLGRVYPRPPSKTYRGAFQNLFQSVREVIQNPGPRHPEAASAAPPGASLLLLQQQ QQQQQQQQQQQQQQQQQQETSPRQQQQQQGEDGSPQAHRRGPTGYLVLDEEQQPSQPQSA LECHPERGCVPEPGAAVAASKGLPQQLPAPPDEDDSAAPSTLSLLGPTFPGLSSCSADLK DILSEASTMQLLQQQQQEAVSEGSSSGRAREASGAPTSSKDNYLGGTSTISDNAKELCKA VSVSMGLGVEALEHLSPGEQLRGDCMYAPLLGVPPAVRPTPCAPLAECKGSLLDDSAGKS TEDTAEYSPFKGGYTKGLEGESLGCSGSAAAGSSGTLELPSTLSLYKSGALDEAAAYQSR DYYNFPLALAGPPPPPPPPHPHARIKLENPLDYGSAWAAAAAQCRYGDLASLHGAGAAGP GSGSPSAAASSSWHTLFTAEEGQLYGPCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGEAGAVAPY GYTRPPQGLAGQESDFTAPDVWYPGGMVSRVPYPSPTCVKSEMGPWMDSYSGPYGDMRLE TARDHVLPIDYYFPPQKTCLICGDEASGCHY

GALTCGSCKVFFKRAAEGKQKYLCASRND CTIDKFRRKNCPSCRLRKCYEAGMTLGARKLKKLGNLKLQEEGEASSTTSPTEETTQKLT VSHIEGYECQPIFLNVLEAIEPGVVCAGHDNNQPDSFAALLSSLNELGERQLVHVVKWAK ALPGFRNLHVDDQMAVIQYSWMGLMVFAMGWRSFTNVNSRMLYFAPDLVFNEYRMHKSRM YSQCVRMRHLSQEFGWLQITPQEFLCMKALLLFSIIPVDGLKNQKFFDELRMNYIKELDR IIACKRKNPTSCSRRFYQLTKLLDSVQPIARELHQFTFDLLIKSHMVSVDFPEMMAEIIS VQVPKILSGKVKPIYFHTQ

我们需要先编辑FASTA数据，在记事本中打开，首先找到第578位的S(红色标出), 因为SIFT最佳预测大小为300-400左右的氨基酸序列，那么我们将之前的400个氨基 http://www.77cn.com.cn成都家教，成都家教网 酸删除(蓝色部分),那么我们的突变位点就从 S578N变为S178N,最后将末尾的 139个氨基酸也一并删除(咖啡色),保留中间389个氨基酸，加上第一行的蛋白质 信息，这就是我们需要提交的数据

将刚才编辑好的数据填入这个框中(之前介绍过 这个数据输入框)

此框中填入突变信息S178Nhttp://www.77cn.com.cn成都家教，成都家教网

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